Biotop neboli stanoviště je živé i neživé prostředí, ovlivněné a pozměněné živou složkou přírody (souborem všech vlivů, které vytvářejí životní prostředí všech zde žijících organismů). Z pohledu typizace přírody je biotop klasifikační jednotka, která je definovaná pomocí vegetačních typů (rostlinných společenstev). Na území ČR se vykytuje 157 přírodních biotopů.
Jalovcové pasínky: Typický karpatský prvek v Beskydech, který se rozvinul díky extenzivní pastvě jako náhradní vegetace po původních bučinách. Právě na tento biotop je vázáno velké množství vzácných nelesních druhů. S ústupem tradičního maloplošného hospodaření, postupně zarůstají i jalovcové pasínky.
Jedlobučiny: Původně nejrozšířenější biotop Beskyd, který je tvořen buky, mezi které je vtroušená jedle, někdy s javorem klenem. Jedná se o lesy bohaté na živiny, což dokládá bohaté bylinné patro. Jedlobučiny jsou velice druhově pestré porosty, na které je vázána řada vzácných druhů (prales Razula).
Karpatské bučiny: Bučiny mají v Beskydech relativně vysoké zastoupení, oproti jiným částem ČR. Za typické pro Karpaty lze považovat pouze květnaté bučiny s kyčelnicí žláznatou, která se vyskytuje pouze v Beskydech. Je to nejzápadnější výběžek svého výskytu.
Mokřady jsou jedním z nejpestřejších prvků v krajině, protože představují přechod mezi suchozemským a vodním prostředím. Zároveň mají nenahraditelnou úlohu při zadržování vody v krajině, protože fungují jako houba – zadržují velké množství vody, které pomalu uvolňují. Mokřady jsou dnes ohroženy stavebními záměry nebo dochází přímo k jejich zavážení.
